Des del 1516, Catalunya forma part dels territoris dels Habsburg: un enorme imperi europeu, aviat també estès per Amèrica, liderat des de Castella. Catalunya és un territori perifèric i amb poca capacitat d’intervenció en els afers generals. Al nord, la frontera amb França és escenari de contínues guerres mentre que a la Mediterrània, l’amenaça de l’Imperi Otomà i l’assot del cors barbaresc, es fa present.

Catalunya manté, però, la seva idiosincràsia i el seu sistema de govern, fonamentat en les constitucions i en la tradició del pactisme. Aquesta tradició segueix evolucionant i es contraposa a l’autoritarisme creixent de la monarquia. Durant el segle XVI, malgrat els grans conflictes, el país avança demogràficament i l’economia recupera part de la seva puixança.

La violència és una pràctica freqüent a la Catalunya moderna. Molts conflictes privats es resolen per la via de les armes. Les colles de bandolers són una conseqüència dels canvis socials i econòmics que comporten una major polarització social. Revenges, crims, segrestos, xantatges, atemptats i fins i tot petites guerres privades proliferen en una societat impregnada de bàndols.

El cors augmenta degut a la lluita entre els diversos estats mediterranis i, especialment, entre l’Imperi otomà i la Monarquia Hispànica. Estols procedents de les costes del nord d’Àfrica ataquen les costes catalanes amb virulència. Lentament, però, s’organitza una xarxa defensiva, basada en les torres de guaita.

A partir del Concili de Trento (1545-1563), l’Església catòlica redefineix els seus dogmes, qüestionats per la Reforma protestant, i dicta una nova moralitat. Als regnes hispànics, la Contrareforma és imposada per Felip II i els seus successors, i té un component important de fanatisme i d’intolerància vers la resta de creences religioses.

L’estètica renaixentista dóna pas al barroc, que es caracteritza per un llenguatge més exuberant. El català continua sent la llengua d’ús popular a tots els nivells, i compta amb grans autors com Vicenç Garcia o Francesc de Fontanella. De totes maneres, l’aristocràcia local es castellanitza i, paulatinament, el castellà esdevé la llengua de cultura predominant al caliu del la literatura del ‘Siglo de Oro’.

Durant el segle XVII, les guerres entre Espanya i França passen forçosament per territori català. La presència i l’arbitrarietat dels terços espanyols, juntament amb la política autoritària del govern del comte-duc d’Olivares, són l’espurna que encén el conflicte social i polític latent. El 1640 Catalunya es revolta en contra de la Monarquia Hispànica.

La revolució popular, protagonitzada per la pagesia, ve seguida de la revolució política encapçalada per les institucions, que s’alien amb la monarquia francesa. La guerra acaba amb el Tractat dels Pirineus (1659) pel qual Catalunya retorna al sí de la Monarquia hispànica i França s’annexiona el comtat del Rosselló i part de la Cerdanya. 

La mort sense descendència de Carles II desencadena un conflicte d’abast internacional, la Guerra de Successió (1702 – 1715). Més enllà de la qüestió dinàstica, a la disputa pel tron de la Monarquia Hispànica s’hi barregen qüestions polítiques, estratègiques i comercials, que acaben per conformar dos bàndols en l’àmbit europeu.

Els catalans, finalment, es posicionen a favor de l’arxiduc Carles d’Àustria (Carles III) i en contra del duc Felip d’Anjou (Felip V), que té el suport de la corona de Castella i de França. La derrota bèl·lica i la caiguda de Barcelona, l’11 de setembre de 1714, tenen com a principal conseqüència l’abolició de les constitucions i institucions catalanes i l’inici d’una duríssima repressió.