En realitat, però, a banda de les forces de fusellers disseminades pel país, els resistents només tenien dues places fortes: Cardona i Barcelona. La Conferència dels Tres Comuns, formada per la Generalitat, el Consell de Cent i el Braç Militar, es va fer càrrec de la resistència i va enviar ambaixadors a les corts aliades.
El setge es va prolongar durant quasi catorze mesos. A començament de 1714, una revolta generalitzada contra l’establiment dels nous impostos borbònics va ser reprimida a sang i foc.
A partir del juliol, l’arribada del duc de Berwick, amb noves forces, i el bloqueig naval van agreujar la situació dels assetjats. L’11 de setembre les tropes borbòniques van ocupar la ciutat, on van trobar una forta resistència. El 18 de setembre va capitular la guarnició de Cardona i l’any següent ho van fer Mallorca i Eivissa.